在生物医学研究中,经常会遇到查阅各种资料的情况,可能是一段基因,也可能是一段序列,为了提高工作效率,收藏一些常备的数据库是费用有必要,现把常用数据库进行简单梳理,希望对大家有所帮助。
一、miRNA-lncRNA关系预测数据库
1.miRSponge数据库:http://www.bio-bigdata.com/miRSponge/2.RNA22网站:https://cm.jefferson.edu/rna22/3.lncACTdb数据库:http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/4.RAID v2.0数据库:http://www.rna-society.org/raid/index.html5.DIANA Tools数据库:http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2/index6.starBase数据库:http://starbase.sysu.edu.cn/index.php7.mircode数据库http://www.mircode.org/8. LNCediting数据库http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/9.LncRNASNP数据库http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/(可以预测人,小鼠)
10.lncrnamap数据库http://lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw/php/二、miRNA靶基因预测数据库
1. TargetScan
TargetScan数据库是大家比较常用的预测miRNA靶基因数据库,主要通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。该数据库提供人、小鼠、大鼠、奶牛、狗、猩猩、恒河猴、负鼠、鸡和青蛙等动物信息。最新更新时间为2015年8月,版本为V7.0。链接:http://www.targetscan.org/2.PITA
该数据库基于靶位点的可接性(target-site accessibility)和自由能预测miRNA 的靶标,是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。主要包含human、mouse、fly和worm的信息,使用者可以通过miRNA预测靶基因,也可以通过mRNA预测miRNA信息,无论是miRNA还是mRNA均可通过提供name或ID进行分析。链接:http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html3.miRBase
miRBase数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。该数据库于2014年6月更新为最新版本V21.0,包含223个物种的35828个成熟的miRNA序列。该数据库提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息(仅包含已有的靶标信息,所以会出现部分miRNA靶标信息无的现象)。该数据库用于miRNA信息查询较多,靶关系预测较少。链接:http://www.mirbase.org/http://4.microRA.org该数据库提供了关于人类、小鼠、大鼠、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱,支持通过miRNA预测靶基因,也支持通过mRNA分析相关的miRNA。最新更新时间为2010年,好久不更新了。链接:http://www.microrna.org/5.miRTarBase
该数据库主要收集的是被实验验证的miRNA靶标,同时提供支持搜索结果的文献或方法,最新更新于2015年9月。该数据库支持浏览、搜索和数据下载。链接:http://mirtarbase
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